從以往日文系學生畢業後的狀況來看，並非所有畢業生都朝研究日語或日本文學的方向發展。為讓學生能因應多元化的社會需求，本系 除了語言核心課程及「多元文化導論」和二大領域之概論課程為必修外，另將涵蓋了語學、文學、溝通、文化、歷史、經濟、社會等的多元化選修科目規劃為語言(語言・溝通)、文化(表象文化・社會文化)二大領域，讓學生能在多元化的課程架構中選擇其感興趣的方向。
學生必須在豐富多元的科目中，依自己的興趣及未來的發展方向選擇選修領域。大二下學期期中第一次登記志願領域，大三上學期期中最後決定所屬領域。決定後，四年級開始學生需根據所選擇領域進行專題研究，於畢業時提出畢業作品方得以畢業。
本系四年之課程架構如下圖所示：
| 一年級 | 學分 | 二年級 | 學分 | 三年級 | 學分 | 四年級 | 學分 | |
| 必修 | 綜合日語(一)A | 8 | 綜合日語(二)A | 8 | 綜合日語(三) | 4 | 專題研究 | 4 |
| 綜合日語(一)B | 4 | 綜合日語(二)B | 4 | |||||
| 綜合日語(一)C | 6 | 綜合日語(二)C | 6 | |||||
| 多元文化導論 | 2 | 日語語法(一) | 4 | |||||
| 表象文化概論 | 2 | 語言溝通概論 | 2 | |||||
| 社會文化概論 | 2 | |||||||
| 選修 | 日語發音 | 2 | (三、四年級課程詳見B項說明) | |||||
| 選修 | 學習方法論 | 2 | ||||||
| 選修 | 台日社區交流 | 1 | ||||||
| I類(共63學分) | II類(共48學分) |
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*社會與企業(2學分) |
契約學習(4學分) |
| I類(共59學分) | II類(共50學分) |
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*社會與企業(2學分) |
越境文化論(4學分) |
註:*部份課程跨二大領域