本系首要目的在培育學生進行「自省」、「獨立思考」、「發現與解決問題」，然後能成為一個善於進行「 台、日多元文化之溝通交流」的人才。另外，基本的判斷與觀察能力之訓練、知書達禮及關懷社會人群等氣質之培育，亦是我們極為重視的一環。
鑒於社會之脈動，日文系邁入多元的發展階段，因而本系除了將開設於一年級的「多元文化導論」列為必修，亦將「表象文化概論」、「語言溝通概論」、「社會文化概論」等概論課程列為必修科目，並透過最後的「專題研究」之呈現完成四年的學業。這種方式的課程設計，可以督促學生自主性地學習，以提高學習效果。另外本系亦透過各種國際交流來輔助學生達成實踐多元文化之溝通與交流的學習。
我們秉著東海大學的人文精神，重視學生的國際觀與多元文化素養，及關懷服務的精神。我們希望藉著多元化、專業化的教學與訓練課程，使我們每一位畢業學子都能成為真正懂得關懷社會人群的「大學畢業生」。
我們認為學習語言的目的在與人溝通，而最困難的溝通往往出現在不同文化背景與想法的人或團體之間；因此本系將教育目標定位在：培育富「台日多元文化之溝通與交流」能力的人才上。為了深化同學對多語言、多文化裡各語言、文化間之界面的觀察與思辨能力，本系碩士班延續大學部上述教育目標，將以台、日為中心，理論性、分析性的探討東亞「跨區域間溝通交流」（trans-regional interaction）問題。
學什麼？做什麼？
何謂多元文化？何以「區域」稱之？所謂的「日本文化」「中國文化」都是我們所常提及的語詞，但是一個國家怎可能只有一種文化？一個區域也不可能只存在一種語言。不管哪個時代、哪個地方，文化或語言一向都是多層次且多樣化的。而且層次與層次、樣式與樣式之間，也絕非是涇渭分明，而是連續性的有雷同也有差異。本碩士班的研究重點便是聚焦在這個層次與層次、樣式與樣式間的界面上。首先要透過與人的接觸與閱讀，使學生對實際的現象及各區域交錯的歷史淵源有一定程度的認知，然後探討人如何在這種微妙的異同中進行溝通，再由學生運用所學，策劃並實踐一個跨區域的交流活動；藉不斷的實踐與反思，深化其相關認知與實踐能力，最後再以碩士論文完成整個學習過程。