本系成立於81學年(1992年)，是台灣中部地區最早成立之日本語文學系。89學年（2000年）擴充為雙班，95學年（2006年）成立碩士班，101學年（2012年）配合本系教學特色，更名為「日本語言文化學系」，是全台灣唯一以此為名的系。
本系創系迄今，各階段的重要改革概要如下：
一、81學年~88學年度（1992年~1999年）
（一）以傳授日語技能的教學為主
以日語及有關日本事務之各種通識科目的教學為中心。當中有關日語之聽、說、讀、寫、譯等技能皆列為必修，而日本歷史、社會、地理等與日本相關之內容科目則列為選修科目。
（二）改進日語教學
85學年度(1996年)有鑒於聽、說、讀、寫等日語教學有各自為政的現象，而開始了縱向之同一性質科目間的聯繫及同年級間不同性質之各科的橫向聯繫，以改進並提升日語教學成效。
二、89~92學年（2000年~2003年）
（一）獨立思考能力的培養
增開以獨立思考能力為主軸的內容科目（如，在一年級的階段即將探討不同文化間的溝通與交流之「異文化理解（多元文化理解）」列為選修科目）外，亦希望各個科目將獨立思考能力的培養在課程中具體落實體現。
（二）確立思考、知識、技能為系課程之三大主軸
新增更豐富多元的選修課程外，更擴充內容科目的廣度與深度，並依其性質分成語言技能、語言知識、文學、社會文化等四類。
三、93~95學年（2004年-2006年）
（一）將3、4年級選修課程以Ⅰ類、Ⅱ類區分
Ⅰ類以3年級學生為主、Ⅱ類以4年級學生為主，除了顯現課程的進階性外，亦規劃適當之必選修學分數，及舉行選課說明會，以輔導學生各依性向進行主體性選擇。
（二）導入自律學習理念
在執行教育部卓越計畫過程中，本系開設「日語自學區」，致力推展自學理念至各課程。
（三）碩士班的成立
為延續及落實大學部之教育理念以及實現培育溝通交流人才目標，於2006年成立碩士班。將視野從「台、日」擴展到以「台、日為主軸的東亞」地區與日本相關的研究，俾以更寬闊的歷史觀，培養學生具備以台日關係為主軸的東亞地區跨區域交流(Trans-Regional Interaction)的能力。
四、96學年度起（2007年~）
（一）重新規劃必修課程與選修課程
新增必修科目：「多元文化理解」、「三領域概論」、及「專題研究」（畢業研究）。
（二）充實自學資源
持續開發自學學材、擴充自學環境，充實自學資源。
五、101學年度起(2012年~)
（一）正式更名
101學年度(2012年8月1日)起系所更名為「日本語言文化學系」(Department of Japanese Language and Culture)，以契合本系教育目標與課程安排。
（二）配合新系名之課程調整
除了大學部將三領域【語言・溝通、文化、社會】的內容科目調整為二領域【語言(語言・溝通)、文化(表象文化・社會文化)】外，碩士班亦調整為二領域4主軸【台日語言溝通領域(主軸1：日本語研究・主軸2： 台日語言接觸)、台日社會文化領域(主軸1：台日表象文化・主軸2：台日社區交流)】。
（三）推動五年一貫學習方式
本系所除了重視學生日語之聽、說、讀、寫、譯等的溝通交流能力之外，亦希望培育學生具備「自省」「獨立思考」「發現與解決問題」、「實踐交流互動」的能力，以期型塑一位擅長進行「台、日多元文化之溝通與交流」的人才。